Khi Bản phản biện đã được chọn, BTV chuyên mục có thể bắt đầu quá trình Phản biện chuyên gia. Trước tiên, BTV chuyên mục nhấp chuột vào nút "Lựa chọn Người Phản biện" và được dẫn tới danh sách những Người phản biện, lĩnh vực chuyên sâu và công việc của họ với tạp chí. BTV chuyên mục sau đó nhấp chuột vào nút "Giao bài" ngay cạnh tên của những Người phản biện phù hợp với bài viết

Thay đổi Người phản biện. Nếu BTV chuyên mục nhận thấy một người nào đó đã chọn không phù hợp, nút "Xóa Người phản biện" có thể được sử dụng để xóa tên của Người phản biện đó trước khi bắt đầu quá trình phản biện (khi mà Người phản biện đã nhận được thông báo thì nút sẽ đổi thành "Dừng Phản biện"). Để thay đổi một Người phản biện đã được nhận được thông báo, BTV chuyên mục nhấp vào nút "Dừng Phản biện" và một email thông báo dừng sẽ được gửi tới Người phản biện đó. BTV chuyên mục sau đó nhấp chuột vào nút "Lựa chọn Người phản biện" để giao bài cho Người phản biện khác và gửi thư đề nghị tới người này. Nếu BTV chuyên mục dừng phản biện nhưng Người phản biện đã cập nhật bài nộp với thông báo rằng phản biện đã xong, BTV chuyên mục có thể tiến hành lại quá trình phản biện bằng cách gửi email đề nghị tới Người phản biện mới. Một danh sách những Người Phản biện từ chối đề nghị phản biện một bài viết hoặc dừng phản biện được lưu ở dưới mục "Từ chối, Dừng và các Vòng phản biện trước đó của Bài nộp."

Đề nghị và bắt đầu một Phản biện chuyên gia. BTV chuyên mục nhấp chuột vào biểu tượng email phía dưới mục Đề nghị Người phản biện để mở email soạn sẵn gửi tới Người phản biện. Sau khi nhấp chuột vào nút Gửi, BTV chuyên mục cũng có thể thay đổi số tuần cần phản biện cần phải hoàn thành. Tổng biên tập đặt số tuần mặc định ở bước Thiết lập tạp chí 2.2. Nếu một Người phản biện không hồi âm nhanh chóng, BTV chuyên mục có thể gửi một thư đề nghị khác bằng cách nhấp chuột thêm một lần ữa vào biểu tượng email ở dưới mục Đề nghị, hoặc có thể lựa chọn một Người phản biện khác(theo các bước trong mục "Thay đổi Người phản biện" trên đây. BTV chuyên mục cũng có thể thay đổi thời hạn hoàn thành phản biện đối với từng Người phản biện bằng cách nhấp chuột vào ngày xuất hiện dưới mục Thời hạn.

Người phản biện hồi âm trên website. Thông thường, Người phản biện đáp lại lời mời phản biện bằng cách đăng nhập vào website của tạp chí và thông báo cho BTV chuyên mục bằng một email soạn sẵn rằng có tiến hành phản biện theo đề nghị hay không. Nếu Người phản biện từ chối lời đề nghị, tên của người này sẽ được đưa vào mục "Từ chối, Dừng và các Vòng phản biện trước đó của Bài nộp" và BTV chuyên mục lựa chọn Người phản biện khác. Nếu Người phản biện đồng ý tiến hành phản biện, ngày đồng ý sẽ xuất hiện dưới mục Phản hồi dành cho Người phản biện đó. Tổng biên tập có thể lựa chọn ở bước Thiết lập 2.2 kích hoạt lời nhắc tự động được gửi tới những Người phản biện không hồi âm lời đề nghị sau một số ngày nhất định.

Người phản biện hồi âm bằng email. Nếu thay vì đăng nhập vào website, Người phản biện gửi email cho BTV chuyên mục một email từ chối lời mời phản biện, BTV chuyên mục sẽ vào trang Phản biện dành cho bài nộp và nhấp chuột vào nút Dừng phản biện gắn với Người phản biện đó. Khi email Dừng phản biện xuất hiện, BTV chuyên mục có thể sửa câu chữ trong email, dọc theo dòng chữ "...hy vọng lần tới quý vị sẽ nhận lời phản biện giúp chúng tôi" và sau đó gửi tới Người phản biện được mời. Thao tác này sẽ xóa tên Người phản biện khỏi bước Phản biện chuyên gia (và đưa tên người này vào mục "Từ chối, Dừng và các Vòng phản biện trước đó của Bài nộp"). BTV chuyên mục sau đó có thể chọn Người phản biện khác.

Người phản biện hoàn thành phản biện trực tuyến. Người phản biện hoàn thành phản biện bằng cách nhập lời bình của mình vào phần Phản biện (dựa trên Hướng dẫn dành cho Người phản biện đã được Tổng biên tập nhập ở bước Thiết lập tạp chí 2.2) và lựa chọn một Khuyến nghị (từ menu lựa chọn: Chấp nhận, Chấp nhận với một vài sửa đổi, Nộp lại bài để phản biện, Nộp lại bài ở nơi khác, Từ chối, Xem trong lời bình). Người phản biện cũng có thể tải các file lên, dù đó là một phiên bản bài nộp có lời bình hay những thông tin bổ sung thích hợp khác, những file mà BTV chuyên mục sẽ quyết định liệu Tác giả có thể xem hay không bằng việc sử dụng lựa chọn "Tác giả có thể xem". Tổng biên tập ở bước Thiết lập tạp chí 2.2 có thể kích hoạt email nhắc tự động gửi tới những Người phản biện chưa hoàn thành phản biện trong khoảng một số ngày nhất định sau thời hạn. BTV chuyên mục cũng có thể gửi gửi lời nhắc một Người phản biện bằng cách sử dụng biểu tượng email ở dưới mục Đề nghị dành cho Người phản biện đó.

Người phản biện hoàn thành phản biện bằng email. Nếu Tổng biên tập đã lựa chọn "Quá trình Phản biện bằng gửi kèm theo Email" ở bước Thiết lập tạp chí 2.2, Người phản biện sẽ nhận được bài nộp dưới dạng file đính kèm email cùng lời đề nghị phản biện và Hướng dẫn Phản biện. Người phản biện được đề nghị gửi email cho BTV chuyên mục để báo cho biết có sẵn sàng phản biện hay không. Nếu sẵn sàng, Người phản biện sẽ gửi lại một email gồm có phần hiệu đính của bài nộp và khuyến nghị. BTV chuyên mục sẽ nhập vào Trang phản biện lời bình của Người phản biện bằng cách sử dụng hộp Phản biện và ghi lại khuyến nghị của Người phản biện ở dưới tên của Người phản biện.